Vaksinasi haiwan digunakan sebagai langkah pencegahan haiwan daripada dijangkiti penyakit serta pencegahan penyebaran penyakit kepada manusia.[21] Haiwan-haiwan ternakan mahupun peliharan diberikan vaksin secara rutin.

Populasi haiwan yang liar juga boleh diberikan vaksin dalam kes-kes tertentu. Proses ini dicapai melalui pemberian makanan yang bercampur dengan vaksin di kawasan yang disyaki tersebarnya penyakit. Satu contoh yang baik merupakan percubaan mengawal perebakan penyakit anjing gila di kalangan populasi rakun.

Terdapat kes-kes pengunaan vaksin veterinar di kalangan manusia yang didokumentasikan sama ada ia dilakukan dengan sengaja mahupun sebaliknya. Sestengah kes-kes tersebut menyebabkan kesakitan yang berlarutan, terutama sekali dengan penyakit Bruselosis.[22] Kes-kes sebegini bagaimanapun agak jarang, dan kajian yang dilakukan mengenai keselamatan serta kesan-kesan daripada kaedah ini amatlah sedikit.